《怀疑》讲述了这样一个故事：1964年，纽约一个天主教教会学校。老修女阿洛西斯·博维亚怀疑神父布兰登·弗林对一个黑人学生唐纳进行了性侵犯，于是，她勇敢地站了出来，不顾一切地开展一系列维护教堂圣洁的行动，但她掌握的全部证据主要是詹姆斯修女含糊不清的观察和她自己内心的感觉。布兰登神父是个极有魅力并深受学生喜爱的宗教和体育课教师，难道他真的有娈童癖？还是他无辜地成了阿洛西斯·博维亚修女的迫害和追捕的牺牲品？……